巧克力囊肿有时会疼的。巧克力囊肿对直肠周期性的刺激，也会导致剧烈的疼痛感。这也是诊断本症最有价值的症侯。直肠、肛门、外阴部坠胀、坠痛、里急后重感和大便次数增多。当病变逐渐加重时，症状日趋明显，而经后症状消失。
一般巧克力囊肿的病人是会出现腹痛的症状的，甚至是痛经进行性加重、性交疼痛、不孕及月经失调。这种病可以采用药物来对抗或抑制卵巢的周期性内分泌刺激。最初是用睾丸酮类的雄性激素，因副作用较大，而且效力亦不够强，已逐渐摒弃不用。后来则逐渐发展成为假孕疗法及假绝经疗法。
及时去正规的医院做进一步的检查，然后根据检查结果，尽快选择合理的方法手术治疗。如病情发现的比较早，治疗的比较及时，相信病情也是可以缓解的，在治疗过程当中，一定要把心情放松，思想上不要有什么压力。
巧克力囊肿会出现腹膜炎、不孕、急腹症、性交痛以及痛经的情况。巧克力囊肿的痛经一般是继发性的，逐渐加重。然而，少数没有明显的疼痛。主要原因是异位的子宫内膜受卵巢激素的影响，与正常子宫内膜发生相同的周期变化。月经后半期，异位子宫内膜增厚会造成充血，导致肿瘤内子宫内膜异位症的压力增大，因此月经时囊袋的血堆积，使囊壁应力在一定程度上增加并引起疼痛。
巧克力囊肿会引起腹痛的情况，建议平时注意饮食忌辛辣忌烟酒多吃水果，不要受凉，可以局部热敷，如果疼痛比较严重，一定要及时去医院检查。可以到医院做一个全面检查，必要的时候可以手术切除。