药物流产不彻底做清宫术会有一定的痛苦。药物流产没有彻底清除，做清宫手术的时候，每个人的痛苦都不一样，药物流产后，服用药物后，宫颈口会有很大的膨胀，扩张宫颈不会有任何的痛苦，但是如果是负压的话，用刮匙刮宫的时候，会有一些痛苦。
如果想要减少痛苦，可以采用无痛清宫术，因为无痛清宫术是在病人昏迷状态下进行的。
现在进行药物流产，出现流产不全的情况，需要清宫手术，清宫手术的费用也是在200元左右的。有的医院药流清宫手术不收费，费用是包含在药流手术费用内。药流是人工流产的一种方法，是意外怀孕的补救措施，适合停经在49天内的早孕。药流的副作用包括流产失败，流产大出血，流产不全，需要再次进行清宫手术，药流没有干净清宫手术一般费用大概在200元左右。
如果残留物比较小，可以先通过药物看看能不能排出来，如果比较大不清宫后果会很严重，残留在子宫内时间长了会大出血，感染，机化在子宫壁上会影响以后生育，需要及时行清宫术。
一般情况下，清宫没干净的处理方法，具体分析如下：
如果清宫不彻底，很大程度上是因为残余的组织和宫腔壁之间的粘性很强，用完药物以后需要重新进行清宫。不过在进行清宫的过程中需要进行一些治疗，病人可以口服米非司酮片、米索前列醇片等药物进行柔化，从而促使宫腔的缩小；也可以通过宫腔镜进行电切。
在日常生活中，需要注意个人清洁卫生，放松身心，饮食以清淡为主，适当参加体育锻炼，提高抗病能力。
清宫不干净是导致大出血或者感染的。需要通过B超检查，确诊是流产不完全应该积极的进行治疗。在治疗期间，应该要注意休息，注意局部卫生，不要吃辛辣刺激性寒凉的食物，不要有性生活。
如果确认是没流干净，就必须及时进行清宫手术，如果不清宫会得严重的妇科炎症，对以后生宝宝也是有很大影响。药流会有失败的风险，当药流不干净，就必须进行二次进行清宫，否则会导致宫内感染，盆腔炎，附件炎，输卵管炎合并堵塞，不孕不育等，甚至引起大出血危险生命。建议到正规医院做药流，休息1-2周，避免干重体力活和冷水作业，以免身体抵抗力降低而诱发其他疾病。同时还要加强营养，多吃高蛋白及补气血的食物，有利于术后身体的恢复。