主要的症状是下腹部疼痛、低位腰痛、极度疲劳感、性感不快、瘀血性痛经和经前期乳房痛。要尽快的手术治疗比较好的否则会有囊肿破裂导致生命危险的，其次的做肿瘤相关抗原的检查的。
巧克力囊肿手术后肠粘连可有腹胀，便秘的症状，是肠粘连导致胃肠蠕动下降造成的，这时注意少吃不易消化的蔬菜，水果，流质饮食为主，可以多锻炼，每日顺时针按摩腹部，促进肠蠕动，可以搭配吃点中药调理胃肠蠕动。
卵巢巧克力囊肿早期症状表现有性变疼痛：这也是一个明显的信号，可能还伴有点状流血。不正常的经痛：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆。没有采取避孕措施也不会怀孕。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
巧克力囊肿发生破裂时液体流到盆腔或输卵管，本身粘稠又排不出去就造成粘连了。痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交出现疼痛感也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。在所有不孕的女性中，由子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。
巧克力囊肿的症状有痛经，可以在经前、经期、或经后出现，二是月经紊乱，由于巧克力囊肿对于卵巢有破坏作用，造成卵巢不排卵。分泌雌激素的水平也下降，从而导致月经紊乱，不孕不育和腹痛。