西医手术激素疗法；西医认为巧克力囊肿是一种激素依赖性疾病，通常采用手术搭配激素来治疗，激素疗法又被称为“假孕疗法”，主要是让病人产生假性闭经，仿照怀孕期用激素来医治月经，缓解一些症状，激素在一定程度上起到的只是缓解症状的作用，不能达到治好的目的，手术治疗一种是剥离囊肿，一种是脏器切除。
治疗方法主要采用药物、手术治疗、激素疗法。中医可以通过中药调理，帮助卵巢恢复正常的排卵，达到正常的受孕。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，治疗期间饮食要清淡，不要吃辛辣刺激食物。
以及治疗预后不一样，中医与西医见解不同，西医认为子宫内膜异位症属于雌激素依赖性疾病，治疗采取口服类雄性激素药，不同年龄不同生育要求治疗建议中医认为该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，影响水液代谢，痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键。所以要慎重根据自身的状况来选择治疗。
巧克力囊肿病人可以保守治疗，保守治疗一般是指使用药物进行治疗，这样的药物也较多。手术治疗。对于一些病人来说，采用手术治疗是好的治疗方法，尤其是囊肿较大的病人。在身体发生不适症状时，及时治疗。生活中要积极预防这些疾病。
巧克力囊肿比较小，可以采取药物的治疗或者是手术治疗，或是随访观察。如巧克力囊肿很大，进行手术治疗，把巧克力囊肿切除掉。巧克力囊肿比较小，多数开始尽快怀孕，怀孕对于巧克力囊肿有一定的治疗作用，并且能预防其继续增大。所以要看巧克力囊肿的大小，选择具体的治疗的方法。
中医巧克力囊肿应该坚持吃中药成药或草药治疗，即可消除囊肿，又可以调理月经，中医认为气血失调有很大的关系。一般通过调理气血来达到消瘤化疗的作用，让人体吸收或者是在外拍消除病变。中医治疗卵巢巧克力囊肿是遵循治病求本的原则，以疏肝理气，扶正因本，活血化瘀，软坚散结，清热解毒为治疗思路。