巧克力囊肿并不需要切除子宫和卵巢的，只是做好囊肿摘除手术就可以了，子宫对于女性身体的重要性是很大的，不能轻易的切除，这样是会影响到身体健康的，这一点是不能有任何的忽视的，检查工作，一定要做好，以减少风险性，术后的复检也是需要做好。
卵巢巧克力囊肿手术后一定要打诺雷德针，是抑制卵巢排卵，形成“药物性假绝经”，使月经暂时不来潮，异位到卵巢的内膜组织不会增长及出血，也就不会复发，由于术后的前3个月，比较重要，所以术后打2-3次针，一个月1次，打针过程中月经不会来的，停针后一切会恢复正常的不要有心里负担。
目前考虑为子宫内膜异位囊肿，建议月经干净2~3天再次到医院复查，超声除外生理性的卵巢囊肿，如果卵巢囊肿持续存在，还影响肿瘤标志物的化验，写出判断重复的性质，之后决定下步治疗。
巧克力囊肿一旦出现破裂很有可能会出现迅速粘黏的情况，而且还会引起病情恶化可能会转变为恶性肿瘤建议平时的时候一定要注意避免腹部受到外部物质的重击如果一旦出现破裂还有可能会导致子宫多部分发生感染引起病情的恶变。
巧克力囊肿手术切除还需要用药物预防复发，要打针的，还要使用抗生素进行抗炎治疗，防止继发感染，饮食清淡，不要吃辛辣和刺激性的食物，要以容易消化的软食为主，不要熬夜。
需要尽快手术治疗。巧克力囊肿直径在5-6公分左右，就会发生破裂现象，后果不堪设想。因囊液内的子宫内膜碎片会流到盆腔或者腹腔内任何位置，可能会种植在盆腔或者腹腔内的脏器上，会引起新的子宫内膜异位症病灶。