磁共振是不能检查出巧克力囊肿的，因为巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症引起的。巧克力囊肿会随着月经周期逐渐增大。小的巧克力囊肿一般没有明显的自觉症状，大的巧克力囊肿会出现病变相应部位的胀痛不适，腰部酸痛，痛经等。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
巧克力囊肿平时应注意不抽烟喝酒，不要食过咸过热和辛辣过冷刺激性食物，要注意劳逸结合，不要过的劳累，不要长时间熬夜，保持良好充足的睡眠，应多吃些营养丰富的食物，多吃些绿色蔬菜和水果。
女性月经期一定要杜绝性活。要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止一切激烈体育运动及重体力劳动。女孩子青春期要避免受惊吓，以免导致闭经或形成溢流。月经期要做学会控制情绪，不要生闷气，否则会导致内分泌失调。随时调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。
B超发现卵巢囊肿，一定要医生当时明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的，b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。因为子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
巧克力囊肿检查费用在5百-2千元左右。要想确诊是巧克力囊肿要去医院做一下妇科检查，妇科检查包括阴道和腹壁的联合检查。然后要做一下B超检查，可以检测出卵巢和腹腔内有没有粘连的囊肿，了解囊肿的大小和位置。