对于巧克力囊肿能需要治疗多久是要看个人的情况的，每个人的体质不同，时间也就不同。平时要注意自身保暖，经期，禁止激烈体育运动及重体力劳动，在月经期或月经中期一定要注意保持情绪稳定，避免过度劳累。情况严重时要手术进行治疗。
治疗好看治疗方案与时间，巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，如果不治疗囊肿会不断的增大，而且会影响到月经，巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，是女性较常见的病变之一，如果囊肿较小可以中药治疗，治疗时间因人而异，囊肿较大需要手术，不管是哪种治疗，均有复发可能性。
一般就是一年到两年左右。中医认为巧克力囊肿主要是由于气血亏虚，湿热邪气结聚所致，一般药物很难治好的。西医主要采取手术治疗，会造成一系列后遗症。中医中药长期临床实践积累了很多非常独特的治疗方法，奇效实用，省钱方便。
如果病人用药物治疗，这种时间就可能需要长一点，因为药物必进效果比较慢，需要恢复的时间，这样就需要6个月-1年左右，如果采用手术治疗的办法，这样就比较快，大概需要30天-60天左右的时间。要看病人的病情来决定时间。
巧克力囊肿做的开腹手术，是需要恢复一年才能怀孕的，新鲜的瘢痕在妊娠末期或分娩过程中很容易胀破，而造成腹腔大出血甚至威胁生命。因此，怀孕要在手术一年以后较为安全。期间需要注意饮食的合理性，注意休息好、保持一个良好的心情很重要，确定完全恢复后再怀孕。
卵巢巧克力囊肿就是子宫内膜异位症导致的，如果是比较小的卵巢巧克力囊肿，可以通过促排卵增加怀孕几率，怀孕之后就会抑制卵巢巧克力囊肿的生长，如果比较大的两个巧克力囊肿的，就需要考虑手术切除。具体的治疗方案需要根据囊肿的大小来综合考虑。
