巧克力囊肿应该在中医指导下服用中药治疗。在用药以后需要去医院做B超复查，如果再恢复正常，不需要进一步治疗。如果用药效果不理想，也可以去医院做腹腔镜的微创手术治疗。
巧克力囊肿中医保守治疗，巧克力囊肿是一种常见的妇科良性病变，是子宫内膜异位到卵巢上引发的病变。巧克力囊肿复发率很高的。通息疗法是治疗子宫肌瘤、卵巢囊肿、子宫内膜异位症、巧克力囊肿、子宫腺肌症的新疗法。
去专业正规的医院进行检查和治疗，遵医嘱用药。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶。个人的卫生习惯也很重要，内衣勤洗勤换。多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。保证良好的作息，不要太晚睡觉。
中医是可以服用桂枝茯苓胶囊，或者在当地医生指导下，服用中药辨证施治调理的。在用药以后需要去医院做B超复查，如果再恢复正常的情况下，不需要进一步治疗，如果用药效果不理想，也可以去医院做腹腔镜的微创手术治疗。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种情况，保守治疗，有中药、西药，中药一般就是活血化瘀，并没有什么秘方，西药一般是假绝经或者假怀孕疗法，但不管是哪一类的药物治疗，一般是难以除根的。注意休息，忌辛辣食物，可以口服药物缓解症状，控制发展。
巧克力囊肿的治疗有两种方式，一种是药物控制，效果不好。另一种是手术治疗，能够达到治疗的目的，但是需要选择合适的方式治疗，有些女性需要生育所以只能采取保守治疗方法。