巧克力囊肿和畸胎瘤的方法主要是手术治疗！区分两者，其实通过CT扫描往往可以鉴别！典型的畸胎瘤具有三胚层组织，比如脂肪、牙齿、骨骼、毛发、肌肉等，如果CT显示病变内有组织成分，即可确诊为畸胎瘤。巧克力囊肿是子宫内膜异位症，囊肿内往往存在出血，所以CT扫描主要以囊性病灶为主要表现，并且囊内的密度可以比较高，但是没有畸胎瘤的各种组织成分，所以鉴别不成问题的。
畸胎瘤会严重一点，但卵巢畸胎瘤和卵巢巧克力囊肿也都属于卵巢囊肿的一种类型，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，还是比较麻烦的，复发的可能性比较大，卵巢畸胎瘤只要切除，一般复发的可能性比较小。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症形成的。平时来月经的时候肚子会痛。畸胎瘤起源于潜在多功能的原始胚细胞，多为良性，但恶性倾向随年龄增长而呈上升趋势。卵巢囊肿是一个良性的疾病，一般不需要特殊治疗，定期复查就可以了，超过五厘米的情况下，才手术治疗，但是畸胎瘤，一般都考虑手术治疗。
畸胎瘤和巧克力囊肿是两种来源不同的肿瘤和囊性病变，畸胎瘤是卵巢生殖源性肿瘤，巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上，随着子宫内膜的周期性出血，血液不能排出而形成的囊性病变，二者治疗均应通过手术切除，而且两者，绝大部分都是良性的，畸胎瘤有可能有恶性的。
畸胎瘤比较严重的。巧克力囊肿是子宫内膜异位症形成的，平时来月经的时候肚子会痛，畸胎瘤起源于潜在多功能的原始胚细胞，多为良性，但恶性倾向随年龄增长而呈上升趋势。不管是哪个疾病，在发现了之后一定要即使的治疗。
对身体有很大危害，畸胎瘤一旦确诊，必须争取早期手术切除，以避免良性畸胎瘤因耽搁手术而导致肿瘤恶变，同时可预防肿瘤感染、破裂、出血及并发症的发生，巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢造成的，大都有痛经的，巧克力囊肿和畸胎瘤的区别在于病情性质不同，但复发几率巧克力囊肿比较高，怀孕了对巧克力囊肿有治疗作用，畸胎瘤则有良性，未成熟及恶性之分，大多需要手术治疗。