在月经期间进行手术，会导致出血的增多，在手术的时候不可避免造成组织的创伤，使大量的凝血因子激活并消耗，在这期间进行手术术中的创面渗血较多，影响手术的操作，术后渗血较多，会引起气道的受压等继发性的问题。
巧克力囊肿病人在月经期间是不能做手术的。盆腔手术是在月经干净后安排的，因为月经期间盆腔充血，在手术过程中较易出血，影响手术视野以及手术过程，所以，如果有盆腔的妇科手术，医护人员会让患者在月经干净后去专业医院住院安排手术时间。
巧克力囊肿有很多临床表现，其中痛经是主要症状，却是最容易忽略的先兆；性交疼痛也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。卵巢子宫内膜囊肿也是临床表现之一，囊壁较脆缺乏弹性，经血逐渐聚积，囊内压力不断增高，内容物可自囊壁的薄弱部位溃破，溢入腹腔刺激腹膜，引起腹膜炎，出现急腹症。
巧克力囊肿可以配合活血化瘀药物进行治疗，可以用中药进行治疗，需要来月经干净以后再去医院手术。保持阴部清洁卫生，精神放松，生活规律，注意观察月经情况，做好术前检查，术后多休息一个月，不要同房，定期复查。
巧克力囊肿是盆腔包块的一种，是异位的子宫内膜，就是子宫内膜异位症，子宫内膜异位症可以引起月经的紊乱，卵巢排卵的异常，所以可以影响生育，导致不孕。随着月经周期的变化出血，形成囊肿，因为囊肿的内容物是咖啡色巧克力状，所以称巧克力囊肿。
巧克力囊肿是会引起小腹疼痛的。巧克力囊肿在月经期的时候会出现下腹疼痛的，月经过后疼痛消失。并且如果是在非月经期，当囊肿发生了扭转或者是破裂，那么也会出现小腹疼痛的现象发生。巧克力囊肿的形成，主要是由于子宫内膜异位到卵巢处，并且由于里面的液体呈咖啡色的，所以又称为巧克力囊肿，这种囊肿一般是双侧的较多。
