子宫内膜异位症的治疗方法有以下两种。
1、药物治疗：患者可以选择西医治疗和中医治疗。西医主要有丹那唑，内美通，亮丙瑞林等两种药物；中医以疏肝解郁、活血温经为主要手段，按中医证候、辨证施治、分症施治；
2、对于大面积的巧克力囊肿，可以通过手术治疗。
需要注意的是，子宫内膜异位症的具体治疗方法，要根据医生的建议和实际情况来确定。
子宫内膜异位症目前治疗方法还是比较多的，主要治疗方法包括手术和药物治疗。可进行卵巢囊肿剥除，盆腔子宫内膜异位症病灶手术切除，对于病情比较轻的，可以进行药物治疗。目前中药与西药结合治疗较为有效。
子宫内膜异位症治疗方法大概包括手术和药物治疗。手术主要是切除病灶，提高生育能力，这是手术的目的。手术以后，这种病特别容易复发，所以为了防止复发会采用药物，包括GnRHa、其它一些口服药来减少子宫内膜异位症的复发。除了手术、药物，也可以考虑中西结合的方法来进行治疗。
女性出现慢性骨盆痛、痛经、慢性骨盆疼痛是女性的主要表现，主要表现为下腹深处的腰骶部，也有女性长期慢性下腹疼痛，引起慢性骨盆疼痛。
其次，可能会有性交疼痛，也会有月经不正常的现象，比如月经过多，月经周期延长，甚至会引起不育。出现腹痛、腹泻、便秘等症状也会出现。如果是子宫内膜异位症对输尿管造成的，可能会出现腰痛、血尿、肾积水、肾功能异常等情况。
子宫内膜异位有痛经的风险，此时的痛经是继发性、渐进性的，一般出现在经期的前1-2日，头一日最为剧烈，但是之后对随着时间疼痛会慢慢减轻，痛经后痛感会减轻；也会导致不育，几率约为40-50%；子宫内膜移入直肠、盆腔后会有便秘、里急后重、腹泻等症状；移植到尿道部位，可能会发生周期性尿频、尿急、尿痛等症状。
子宫内膜异位常见的中医治疗方法是通过温经、活血、祛瘀使月经正常，痛经逐渐消失，异位包块、巧克力囊肿被溶解、吸收、消散。同时还能促进卵泡生长及促排卵作用，所以女性可以受孕，受孕后对胚胎无任何不良影响。