通常是做卵巢囊肿剥离手术，尽量不要切掉卵巢，可以考虑做腹腔镜手术，术中做冰冻，可以决定手术的范围，术后做病理检查是可以确诊的，一般腹腔镜手术，创伤小，恢复快，手术以后还需要定期复查。
卵巢囊肿分良性与恶性，恶性的卵巢囊肿是最严重的。恶性卵巢囊肿临床上常见的症状包括腹胀、腹痛、消瘦、晚期可有体重下降等。查体可出现盆腔包块、腹部包块、腹腔积液、腹水等体征，这些体征可由相关妇科检查出来。
卵巢囊肿的手术治疗方法包括腹腔镜手术与开腹手术两种手术途径。开腹手术包括开腹的卵巢囊肿剥除术以及开腹的患侧附件切除术；腹腔镜手术包括腹腔镜下卵巢囊肿剥除术以及腹腔镜下患侧附件切除术。对于年轻、有生育要求的病人，卵巢囊肿一般选择腹腔镜卵巢囊肿剥除术或者开腹卵巢囊肿剥除术。对于年龄比较大、没有生育要求、或者绝经后的女性，可以选择开腹的患侧附件切除术或者腹腔镜下患侧附件切除手术。
卵巢切除手术，这应该是可以治疗好的，手术是彻底治疗卵巢囊肿的方法，药物治疗一般只有控制才能彻底治疗。大多数人不会复发，当然也有少数人会复发，所以术后定期检查，注意休息，保持好心情。
女性体内激素水平紊乱，或者妇科炎症都可能造成卵巢囊肿.
首先需要知道所患的卵巢囊肿是生理性卵巢囊肿，还是病理性卵巢囊肿。生理性卵巢囊肿是由于在排卵期后，由黄体期所形成的囊肿，一般是小于5厘米。在黄体期结束之后，激素水平下降，就会自动消失的，并不需特殊处理。而由于炎症导致，以及内分泌紊乱或者遗传因素所导致，还有子宫内膜异位症所导致的卵巢巧克力囊肿等，就需要根据病情来进行治疗。
卵巢囊肿的诊断往往因肿瘤的大小、性状不同而有难易之别，详细询问病史时不仅注意生殖器官，并需注意全身情况与其他重要器官的有关病史；结合临床表现与体检，除注意肿瘤本身的特征外，尚应了解全身情况，故不仅妇科检查，而全身检查，特别是腹部检查亦极重要。