对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，有生育要求的年轻患者，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
巧克力囊肿腹腔镜手术最佳时间并没有明确要求，需要根据患者的情况来分析。
巧克力囊肿的手术时机并不是很确定，要根据患者的具体病情来决定。卵巢巧克力囊肿最好避开经期进行手术当然，女性在月经结束后3-7日是手术比较好的时间。女性月经来潮后3-7日需要进行输卵管和子宫的检查。如果伴有卵巢朱古氏囊肿，需要进行子宫内窥镜下的子宫不育和双侧输卵管畅通的检测。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，如果不及时治疗，囊肿会不断增大，威胁女性生育，甚至会导致女性不孕，所以积极治疗是关键。巧克力囊肿手术治疗效果比较好，一般治疗时间在月经干净后的3-7天，要做好术前准备，具体需要按照医生的指导来进行。
囊肿都是一个良性的疾病，一般不需要特殊的治疗，定期复查就可以了，超过五厘米的情况下，才建议手术治疗，手术可以采用微创手术，微创手术的治疗效果好，创伤小，恢复快等优点。
巧克力卵巢囊肿可采用的腹腔镜微创术治疗卵巢囊肿卵，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。