因为多次分娩或者流产，容易导致子宫内膜粘连，进而引起子宫内膜碎片排出不畅的问题，因此这些废旧垃圾就容易堆积在宫腔内而不能经由阴道排出，长期这样就有可能触发巧克力囊肿。
巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症造成的，有活性的子宫内膜种植在卵巢上，随着月经周期的变化而变化，但是增殖脱落的子宫内膜和血排不出来，久而久之就形成脓肿，由于里面是经血，时间长了看起来像巧克力的颜色，所以叫巧克力囊肿。这是一种子宫内膜异位症，并不是女人都会得。正规公立医院就诊，进一步检查，确诊后在医生指导下正确治疗。
主要是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，并且随着卵巢周期性的变化而发生变化，比如在周期性的子宫内膜脱落出血形成临床月经的时候，种植在卵巢上的子宫内膜也会出现周期性的出血现象，天长日久，出血量会增多，并且会形成陈旧性的出血，陈旧性的出血肉眼所见类似于巧克力的样子，所以称为巧克力囊肿。
人工流产：女性反复进行人工流产也会增大发生巧克力囊肿的几率，因为在进行宫腔手术时，子宫环境会因为仪器产生的压力而变化，导致子宫内膜碎片随着经血逆流进入盆腔当中，在卵巢扎根后就会随着月经期逐渐生长，最终引起不同程度的巧克力囊肿。
巧克力囊肿主要是由于内分泌紊乱所致，较小的卵巢巧克力囊肿，不易发生破裂。卵巢巧克力囊肿的药物治疗效果差，难以消除，当囊肿增大，自发破裂的风险开始出现，并逐渐增加，长到一定大小，自发破裂常难以避免。
巧克力囊肿是导致女性不孕症发生的常见原因，也是子宫内膜异位症的常见的表现形式。由于内膜开始在女性的卵巢进行生长，但是在生理期的时候这一部分的内膜并不会随着离开自己的，而是在卵巢的位置淤积，随着长在卵巢位置的内膜不断增厚，淤积的内膜会越来越多，使得卵巢的位置出现了囊肿。