一般来说，念珠菌感染应当通过以下方式治疗。具体分析如下：
念珠菌是一种能感染口腔，食管，女性生殖系统，肺部的真菌。也有可能在血液中蔓延，导致血液循环，从而导致多种脏器的传染。易患有免疫力差、抗生素滥用或免疫抑制剂长时间服用者。治疗方法以抗菌药物为主。氟康唑、伊曲康唑、制霉菌素等都是治疗念珠菌病的常用药物。对于身体表面的感染性疾病，可以通过药物或者是物理疗法来进行。
需要注意的是，生活中定期清洗外阴，保持局部的清洁、干燥，出门在外，尽量不要使用宾馆的浴盆。
念珠菌属于真菌一类，念珠菌感染可以侵犯人的消化系统，也可以侵犯泌尿生殖系统，引起念珠菌性的口腔炎、食管炎、念珠菌性的阴道炎。总之，根据侵犯的部位不同，可以选择针对念珠菌感染的相应抗真菌药。
西医治疗的基本原则是消炎杀菌，内外并治。珠菌性龟头炎可给予局部用肥皂水冲洗，然后涂抹外用软膏。治疗期间禁止性生活，每天更换烫洗暴晒内裤。需要夫妻同时治疗。生殖器念珠菌病绝大多数是一种条件致病性感染，除不洁性交引起本病的感染外，个体所患的某些疾病也是引起本病的原因。
如果只是在显微镜下发现了阴道念珠菌菌丝，没有任何的不适反应，并不需要进行任何处理。一般情况下，可以通过外用药膏来进行调理，但由于念珠菌性阴道炎的病情不同，治疗方法也不尽相同。如病人为复杂的念珠菌感染，一般需用药物超过2个疗程。妊娠期间有念珠菌感染，可以使用少量的外用药物，这样会更保险一些。
女性复发型的阴道念珠菌感染一般一年发生4次或4次。
念珠菌性包皮炎的相关治疗中，要尝试一些药物控制，另外饮食方面也要多注意，近段时间少吃一些辛辣或者是刺激性的食物，多吃一些蔬菜和水果来促进恢复，治疗手段一定要十分注意。
念珠菌和杂菌龟头炎治疗最近不要吃辛辣刺激性海鲜类食物，多饮水，多吃清淡易消化食物，每天清洗后外用乳膏，内裤清洗后暴晒，用苏打水清洗外生殖器，并注意保持会阴部清洁，勤换内裤，内裤与鞋袜不要一起洗，用热水洗后在阳光下暴晒，夫妻双方应同时治疗，治疗期间禁止性生活。