巧克力囊肿做B超可以检查出来，但是不能确诊的，只不过单纯的显影有囊肿但是，具体不知道是哪一类的，需要做手术，将组织做病理，才能确诊巧克力囊肿如果已经确诊了，而且直径超过了3cm，就要考虑是否采取手术了，因为保守治疗已经不能治疗好了，甚至还会导致了囊肿的破裂，还是采取手术方法更好的促进卵巢组织健康。
b超能确定巧克力囊肿吗，做b超只能是个大概的判断，典型的巧克力囊肿可以根据B超检查的声像图来做大概的判断，但确诊的确是要做病理检查才行的。所以B超不可以确诊巧克力囊肿。
b超能确诊是巧克力囊肿，目前确诊巧克力囊肿的金标准是做腹腔镜手术，并将囊肿切除送病检，只有病检看到囊肿内有异位的内膜组织，才可以确诊是巧克力囊肿。检查彩超可以看到巧囊的大小，而且囊肿内会有网状分隔，同时回声不会特别均匀。
一般是不需要通过磁共振检查，可以做B超检查确定。磁共振检查的表现非常的不确定，多变，主要是和所用的脉冲的序列和病灶内的成分有关，如果是完全出血性病灶在检查的时候TT加权图像上会显示比较均一的密度的高信号。
巧克力囊肿做手术不一定能根除。中医认为巧克力囊肿主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，胞宫失养，痰浊阻滞气机升降，影响水液代谢，痰瘀是产生的关键。所以要慎重看自身的状况来选择治疗。
巧克力囊肿的初步诊断，主要是根据B超检查结果来判断。要结合病史综合性的分析，巧克力囊肿常常伴有痛经的情况，并且呈持续性加重的状态。巧克力囊肿大约有40%-50%的人，在有不孕不育的病史。所以，除了做B超检查，还要结合病史综合性的分析。
