导致巧克力囊肿最严重的原因有：一，生理原因：女性的子宫内膜在正常的情况下面是在宫腔之中生长的，生理期的到来，其会剥落之后重新开始增厚生长。随着长在卵巢位置的内膜不断增厚，淤积的内膜会越来越多，使得卵巢的位置出现了囊肿。内分泌因素：卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。例假就没了，造成垃圾排不出来，在卵巢里形成了囊肿。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，是指子宫内膜病灶移位到了卵巢上，由于是咖啡色，像巧克力，被称为巧克力囊肿。巧克力囊肿是一种代谢性质的疾病，主要是由于内分泌紊乱所致。
卵巢内的经血越积多，会形成囊包，外观呈巧克力糊状，是形成卵巢巧克力囊肿的原因。卵巢巧克力囊肿可以在没有诱因情况下自发进行破裂，再经前期性生活，粗暴或剧烈时会导致囊肿破裂。
主要是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，并且随着卵巢周期性的变化而发生变化，比如在周期性的子宫内膜脱落出血形成临床月经的时候，种植在卵巢上的子宫内膜也会出现周期性的出血现象。
内分泌因素：内分泌失调对囊肿形成有重要影响。输卵管阻塞：输卵管发生气质型病变，发生堵塞现象，则排不出去的卵子堆积在卵巢内，就形成了巧克力囊肿。性生活频繁：性生活频繁也是导致卵巢巧克力囊肿的重要原因。流产过多。