巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的卵巢囊肿，这种是妇科病，需要挂妇科号就诊的。巧克力囊肿如果超过五厘米，是需要考虑手术的，可以在月经干净后去医院B超检查，了解囊肿的大小，结合月经情况，有无怀孕打算来决定治疗方法，如果是手术，可以考虑腹腔镜手术。
西医手术激素疗法；西医认为巧克力囊肿是一种激素依赖性疾病，通常采用手术搭配激素来治疗，激素疗法又被称为“假孕疗法”，主要是让病人产生假性闭经，仿照怀孕期用激素来医治月经，缓解一些症状，激素在一定程度上起到的只是缓解症状的作用，不能达到治好的目的，手术治疗一种是剥离囊肿，一种是脏器切除。
巧克力囊肿请到妇科内分泌挂号，如果是专科医院，考虑挂女性不孕科。巧克力囊肿检查的时间是在月经完全干净7天之内。应该到正规的不孕不育医院查明病因，针对性的制定合适的治疗方案。切勿盲目治疗。以免耽误治疗时期。
巧克力囊肿术后饮食上需要注意多吃富含蛋白质、维生素的食物。月经期间的女性一定要杜绝性生活，要注意自身的保暖，避免感冒、受凉。月经期间要禁止一切的激烈的体育运动以及重体力劳动，还有要学会控制自己的情绪，不要生闷气，否则容易导致内分泌的失调。
去中医院看巧克力囊肿，应挂中医妇产科。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，是子宫内膜异位到卵巢导致的囊肿，多数伴有痛经症状，患病要及时检查，按时服用药物或进行手术治疗。
巧克力囊肿不进行治疗，对于女性身体的健康的影响还是非常大的，尤其是不够重视疾病，病情越拖越严重，不但会影响到女性的正常生活，导致女性不孕，甚至恶变影响到生命安全，所以必须要选择正规的妇科医院进行治疗。