胚胎本身或遗传基因问题，精子和卵子成功结合成受精卵后着床发育，首要条件必须精子和卵子都是健康的，如果夫妻双方或一方有生殖系统的炎症，可能会导致精卵本身异常，这样的胚胎是不能继续成长的，这是自然界优胜劣汰的法则。还有，染色体非正常化等遗传问题，也会造成胚胎本身的变异，容易造成先兆流产。所以，夫妻双方的身体健康，良好的生活习惯以及孕前科学检查就显得尤为重要。
妊娠期易在胎盘血管形成，血栓堵塞胎盘的血循环，使胚胎缺血而死亡。生殖器官发育异常，而习惯性流产，大多数是由子宫发育不全和宫颈口功能障碍造成的。如心情不好，压力大，休息不好，染色体异常，宫寒等也有关系。
出现先兆流产的现象，可能是因为子宫出现了明显的疾病症状，导致胎儿在发育的过程中越来越大，受到的挤压也会越来越明显。如果到了一定程度，子宫的面积已经无法扩张，就会影响胎儿发育，导致胎停或者是先兆流产的表现。
先兆流产原因：孕妇方面：包括内分泌功能失调如黄体功能不健，甲状腺功能不足等，孕妇感染性疾病，毒性物质接触及生殖道畸形如双子宫，子宫肌瘤等均易导致先兆流产。胎儿方面的因素：则最突出的是受精卵的染色体异常，父体或母体生殖细胞不健全是主要原因，其他原因如脐带供氧不足，羊水疾病，胎盘病毒感染以及某些妇科炎症等，也会引起流产。外环境因素：不恰当的性生活尤其是在早孕早期易引起流产。
子宫畸形：如果说女性子宫畸形，比如双角子宫，子宫发育不良等都会导致胚胎难以着床，即便着床了也会发育不良，一不小心就会出现先兆性流产症状。胚胎异常：胚胎异常也是导致先兆性流产的原因之一，有一些女性怀孕之后，往往会因为遗传因素。