选择使用物理疗法来进行治疗宫颈囊肿，传统的物理疗法包括冷冻、激光、微波等，根据自身的情况，可以在医生的指导下选择治疗的方法。除了传统的物理疗法，也可以选择使用微创疗法进行治疗。在使用物理疗法治疗疾病时，也可以选择使用药物进行辅助。
宫颈囊肿在怀孕早期要注意休息，加强营养，定期进行产前检查，如果囊肿生长速度较快可以在四个月左右进行手术治疗。怀孕期间有宫颈囊肿的话，不用过于担心，不会影响胎儿的，目前怀孕了，一定要加强营养，注意休息，不能熬夜，定期做孕期检查。
能，可以做微波进行治疗，治疗的较好时期是月经干净后3至7天，治疗以后需要吃上消炎药和止血药，禁同房盆浴六周，可能是同房不洁引起的，以后是需要注意同房前后男女双方都要清洗生殖器，预防炎症再次复查，经期期间避免同房。
宫颈囊肿一般可以通过手术进行治疗。
宫颈囊肿是一种生理上的改变，当鳞状上皮代替柱状上皮时，会有新的鳞状上皮覆盖住子宫颈腺管，堵塞腺管，造成腺体分泌物的排泄。
子宫颈囊肿的发生是由于子宫颈局部的损伤，或是由于长期的炎症，引起的腺管口狭窄。浅表的宫颈囊肿是在宫颈表面突出的，如果是深层的宫颈囊肿，那么在宫颈表面上看不出任何的异常，就会出现宫颈的肥大。子宫颈囊肿一般是不需要治疗的。
宫颈纳氏囊肿一般小而分散，可突出于子宫颈表面，小的仅有小米粒大，大的可达玉米粒大。对于散在的比较小的宫颈腺囊肿一般不需治疗，只要每年检查即可。对于密集的较小的纳氏囊肿或比较大的囊肿，可考虑光疗、激光、微波、自凝刀等物理治疗。对于较大的突出于宫颈表面的，可考虑电刀切除治疗。
