巧克力囊肿的症状有痛经，可以在经前、经期、或经后出现，二是月经紊乱，由于巧克力囊肿对于卵巢有破坏作用，造成卵巢不排卵。分泌雌激素的水平也下降，从而导致月经紊乱，不孕不育和腹痛。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
卵巢巧克力囊肿早期症状表现有性变疼痛：这也是一个明显的信号，可能还伴有点状流血。不正常的经痛：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆。没有采取避孕措施也不会怀孕。
痛经：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛：这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。
良性巧克力囊肿是指囊肿直径小于等于3厘米。良性巧克力囊肿并无明显症状。每个人病情的严重情况不一样，有些病人在良性巧克力囊肿的时候会出现不孕，月经失调，痛经等症状，但有些病人却并不会出现症状。
巧克力囊肿表现主要为痛经，性交疼痛，不孕症等。当囊肿增大到3厘米以上，自发破裂的风险开始出现，并逐渐增加等长到一定大小，会自发破裂。还有很多是有尿频和排尿困难，有频繁出血的现象。