超过5厘米有扭转而导致肌肤症的风险，需要尽早的做手术治疗手术以后做病理检查。对于小于8厘米的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失。而对于较大的则以手术治疗为先，可以先使用药物治疗下。
痛经，经月流到卵巢，诱发腹痛，盆腔炎加重可以中医治疗，用清热的药！囊肿里就是黑色的于血，大多数手术后，粘连严重，术后有复发的可能，需要再次手术巧克力囊肿达到3.0x2.0厘米手术治疗。在腹腔镜下切除，微创，手术损伤小。
如果卵巢囊肿大于五厘米就容易发生扭转，破裂或者感染，那就需要急症手术治疗，如果现在还不到五厘米，定期做B超复查，平时注意多休息，避免熬夜劳累伤神，要保持良好的心情。
卵巢巧克力囊肿做手术的费用是7000元-10000元。一般手术的价格与很多因素有院系：治疗的方法、医院的定价、医疗设备等。包括，术前检查费用、手术治疗费用、术后消炎费用等。现在治疗巧克力囊肿的方法主要有：药物治疗、传统开腹手术、宫腹腔镜手术治疗。
一般如果卵巢巧克力囊肿直径小于六厘米，可以暂时不予治疗，但是要按时复查，防止进一步变大。重要的是做好计划生育，减少流产次数。卵巢巧克力囊肿可以通过腹腔镜检查、腹部平片、造影等方法进行诊断，当发生破裂时，可能造成比较严重的后果，所以应立即进行手术治疗。
对于小于8cm的巧克力囊肿，可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失；而对于较大的巧克力囊肿，需要以手术治疗为先，以防巧克力囊肿因身体运动引起缔结扭转或破裂而加重病情。