畸胎瘤和巧克力囊肿是两种来源不同的肿瘤和囊性病变，畸胎瘤是卵巢生殖源性肿瘤，巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上，随着子宫内膜的周期性出血，血液不能排出而形成的囊性病变，二者治疗均应通过手术切除，而且两者，绝大部分都是良性的，畸胎瘤有可能有恶性的。
巧克力囊肿在B朝上是低回声区；而畸胎瘤在B超上会发现里面不完全是低回声，还会有毛发或者骨骼等强回声，有经验的医生会分辨很清楚，这两种情况通常都需要手术治疗，可以去医院进行检查，查一下到底是什么病，然后遵从医嘱进行相应的治疗。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症形成的。平时来月经的时候肚子会痛。畸胎瘤起源于潜在多功能的原始胚细胞，多为良性，但恶性倾向随年龄增长而呈上升趋势。卵巢囊肿是一个良性的疾病，一般不需要特殊治疗，定期复查就可以了，超过五厘米的情况下，才手术治疗，但是畸胎瘤，一般都考虑手术治疗。
畸胎瘤会严重一点，但卵巢畸胎瘤和卵巢巧克力囊肿也都属于卵巢囊肿的一种类型，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，还是比较麻烦的，复发的可能性比较大，卵巢畸胎瘤只要切除，一般复发的可能性比较小。
首先畸胎瘤是肿瘤，是恶性的肿瘤。而巧克力囊肿是有良性的。去正规专科医院或正规医院专科诊断做个四维彩超，详细检查，对症治疗，遵医嘱，仔细配合医生治疗。平时多休息，锻炼身体，提高免疫力。不要乱用药。
畸胎瘤比较严重的。巧克力囊肿是子宫内膜异位症形成的，平时来月经的时候肚子会痛，畸胎瘤起源于潜在多功能的原始胚细胞，多为良性，但恶性倾向随年龄增长而呈上升趋势。不管是哪个疾病，在发现了之后一定要即使的治疗。