一般卵巢囊肿行手术治疗时多数是连同卵巢切除的，实施这种治疗方法时，通常不会对卵巢造成影响，但偶尔为了确定将整个囊肿切除，就必须把整个卵巢，甚至连输卵管也一起切除。因为有两个卵巢，切除一个卵巢后仍然可以生育。如果已经有了子女，或者是已经过了绝经期，把两个卵巢及子宫一起切除掉。这是由于一旦罹患了某种囊肿，们有复发的可能，囊肿复发时会有患癌症的危险。
卵巢囊肿的手术治疗方法包括腹腔镜手术与开腹手术两种手术途径。开腹手术包括开腹的卵巢囊肿剥除术以及开腹的患侧附件切除术；腹腔镜手术包括腹腔镜下卵巢囊肿剥除术以及腹腔镜下患侧附件切除术。对于年轻、有生育要求的病人，卵巢囊肿一般选择腹腔镜卵巢囊肿剥除术或者开腹卵巢囊肿剥除术。对于年龄比较大、没有生育要求、或者绝经后的女性，可以选择开腹的患侧附件切除术或者腹腔镜下患侧附件切除手术。
如果是卵巢囊肿大于五厘米以上，是要及时动手术会，比较好，不然可能会引起腹痛腹胀，小腹胀痛，发烧，白带异常等现象。治疗的时间，根据不同的病情，治疗的时间也是不同的。
卵巢囊肿没有超过4.0以上，可以考虑用保守治疗的方式。如果大于4.0了手术治疗比较好，有卵巢囊肿的女性最常见的症状就是小腹部有硬块，阴道不规则出血，小腹疼痛等。所以确诊后积极的治疗，平时多注意局部卫生，治疗期间不要有性生活。
良性卵巢囊肿的手术治疗：卵巢囊肿切除术，年轻者尤其是绝经者前多采用此种术式，输卵管卵巢切除术，适用年龄较大(45岁以上)或绝经后者，恶性卵巢囊肿的手术治疗：多采取卷地毯式将子宫与肿瘤连同盆腹膜整块切除，也可考虑在腹腔内留置导管，以便术后腹腔内注射化疗药物等使用。
如果有卵巢囊肿，大小如果大于3.0厘米以上都应该进行手术治疗，目前临床上治疗卵巢肿瘤，以手术治疗为主，如果有生育要求，可以保留部分卵巢组织，外用药物效果不，尽早手术治疗，目前治疗卵巢囊肿的手术有腹腔镜，只要在肚子上打几个孔，就可以将手术完成。