一般采用的传统手术切除囊肿，痛苦大、潜在风险高，费用也高，恢复缓慢，易感染，对工作、学习和生活有一定影响，放疗、化疗易损伤正气及机体正常细胞，使病人免疫功能降低，痛苦较大，费用也大。随着现代医学的进步传统手术治疗已渐渐淘汰，反而被微创治疗技术所代替。
卵巢囊肿目前最先进是手术治疗。
卵巢囊肿一经发现确诊,首选手术治疗,对于良性的卵巢囊肿多数行卵巢囊肿剥除术,年轻的患者尤其是绝经前患者多采用卵巢囊肿剥除术,而尽可能保留正常的卵巢组织。输卵管卵巢切除术,对于年龄比较大45岁以上的或者绝经后的患者,可行一侧或者双侧输卵管卵巢切除术。
建议尽量不要熬夜，不要生气，要保持心情愉悦。如果卵巢囊肿小的话，是可以服用药物进行治疗，如果超过五公分的话是要手术治疗的。
卵巢囊肿多数是由妇科炎症引起的，先吃一些抗炎药物等月经干净，三天之后需要复查彩超，看是否有减小的趋势，囊肿大小不超过五厘米，如果有效果当然更好，如果观察超过五厘米，可以考虑手术治疗。
卵巢囊肿的治疗方法主要是手术治疗。必要时需要配合化疗药物进行治疗。
如果卵巢囊肿为良性，有生殖需求，可以采取手术摘除，尽量保存正常的卵巢。若无生殖需求，则需将一侧或两侧的输卵管及卵巢摘除。卵巢囊肿为恶性肿瘤，应尽量将原发囊肿和转移灶进行切除，术后应在腹腔中放置导管，并通过腹腔内注入化疗药物来进行预防。
手术后，患者应该注意休息，不要过度劳累，以免撕裂伤口。
卵巢囊肿的治疗方式取决于年龄，是否恶性，囊肿的部位、体积、大小、生长速度，是否保留生育功能以及的主观愿望等因素而定。一般多采用手术治疗，排除卵巢非赘生性囊肿，如囊肿大于五厘米，需手术治疗，包括开腹手术、腔镜手术。常用术式为卵巢囊肿切除术、卵巢囊肿剥除术。
左侧卵巢囊肿，如果患者的囊肿已经确诊为病理性囊肿，可以在医生指导下通过手术治疗，如开腹手术、腹腔镜手术等。腹腔镜的手术损伤比较小，身体恢复得会快一些，但手术得费用也会相对较高。建议患者在手术后需要将剔除的囊肿送病理化验，并定期复查，了解自身身体的恢复情况，因为如果患者得囊肿属于卵巢巧克力囊肿，复发性会比较高。