巧克力囊肿一般是不会影响输卵管不通的，两者之间没有直接关系，排卵如果正常就说明输卵管没有堵上，如果还不放心，可以在月经干净以后去医院检查输卵管的通畅情况是否正常。
巧克力囊肿又称为子宫内膜异位症，是指子宫内膜移位到卵巢。随着月经周期的变化，巧克力囊肿会随着积雪的增多，而慢慢变大。巧克力囊肿会造成盆腔的粘连，卵巢功能的破坏，影响卵巢排卵和正常的受孕。
卵巢巧克力囊肿疾病最突出的症状就是痛经，会让出现经期腹痛的感觉，而且性交的时候也会有可能出现疼痛感，所以说出现疼痛的感觉就应该警惕起来，一般还会伴有不孕的症状出现，月经改变也比较明显，需要及时确诊和治疗，防止疾病加重很关键。
输卵管积水的症状阴道分泌物增多、腰骶部疼痛、经常性的腹痛等症状，卵巢巧克力囊肿大多都会表现为下腹痛和痛经，不孕，性生活不适，月经异常等症状，还有可能导致不孕，或者破裂导致急腹症。
子宫内膜异位于卵巢深部，经血潴留形成的囊肿。积血多呈巧克力糊状，常因表面出血或囊壁破损而与邻近器官粘连，病人有月经紊乱、痛经、不孕等表现，可手术切除。异位在卵巢的子宫内膜所引起的，这种异位的子宫内膜，其组织结构与正常位置的子宫内膜相同，也可出现增生或分泌期的改变，并引起月经来潮，由于经血无法排出，积聚在卵巢，形成囊肿。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。