引起巧克力囊肿的原因主要有忽略经期卫生，妇科手术操作，经血逆流，内膜种植，浆膜上皮，化生内膜，血液淋巴，良性转移。对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗。症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术。
发生巧克力囊肿主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产可引起输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。也可能和压力过大等因素有关。
内分泌影响：内分泌紊乱是导致巧克力囊肿的最常见原因，主要高发于内分泌旺盛的生育年龄，尤其是如果患者长期处于紧张压力或者不安等情绪影响下，都非常容易因为内分泌失调而诱发疾病。
卵巢巧克力囊肿通常就是由于，子宫内膜异位到卵巢上生长而形成，常见于多次的输卵管通液手术或者是人流手术等原因导致引起，或者是在月经期同房以后导致月经血逆流，而导致引起的子宫内膜异位到卵巢的表现，当卵巢巧克力囊肿小于五公分以下，而且没有引起明显的痛经，这时候就可以不用进行特殊的处理治疗。
巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。
卵巢内的经血越积多，会形成囊包，外观呈巧克力糊状，是形成卵巢巧克力囊肿的原因。卵巢巧克力囊肿可以在没有诱因情况下自发进行破裂，再经前期性生活，粗暴或剧烈时会导致囊肿破裂。