这两个是属于不同的疾病，子宫内膜异位症是由于子宫内膜移位于正常的宫腔向宫腔以外的组织生长，巧克力囊肿一般是由于体内的激素水平升高，形成的淤血块，发现之后立即通过手术进行切除之后再做个病理，子宫内膜异位症会导致进行性痛经，也可以通过手术进行治疗，或者是使用一些激素类的药物进行治疗。
子宫内膜异位症是指子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位均称为子宫内膜异位症，异位子宫内膜可侵犯全身的任何部位如脐膀胱肾输尿管肺胸膜乳腺，甚至于手臂大腿处，而卵巢巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位囊肿，它主要是由于一位的子宫内膜指种植在卵巢的体质内形成了单个和多个的囊肿，囊肿多呈灰蓝色，陈旧性的血液在囊内聚集形成了咖啡色样的粘稠液体是巧克力样是们俗称为卵巢巧克力囊肿。
子宫内膜异位和卵巢巧克力囊肿的主要症状都是以痛经为主，就是每次来月经的时候都有疼痛，而且痛经的症状表现为越来越剧烈，而且随着时间的推移，痛经的症状越来越严重。如果子宫内膜异位到盆腔、卵巢或者是输卵管中，会引起巧克力囊肿。子宫内膜异位可能会导致不孕不育。巧克力囊肿会表现为月经过多或月经不规则等表现，妇科检查可以发现卵巢增大，通过B超检查可以看到比较典型的卵巢囊肿的征象。
子宫内膜异位症和巧克力囊肿就一个病。巧克力囊肿是属于子宫内膜异位症的一种，子宫内膜异位症是子宫内膜组织生长在子宫以外的部位。如肾，膀胱，消化道，卵巢等。巧克力囊肿可以说是子宫内膜异位症的一种病变，是病变发生在卵巢，渐渐的发展为囊肿，出血形似巧克力，所以叫巧克力囊肿。
巧克力囊肿，是因为子宫内膜异位到了卵巢，子宫在卵巢规律的增生脱落，慢慢形成的黑褐色块状物，颜色类似巧克力。巧克力囊肿会严重的影响卵巢的功能，影响正常的排卵，所以会导致不孕。
子宫内膜异位症是一种常见的妇科疾病，对身体健康又严重的影响，而且还有可能导致女性的不孕，因此及时的发现和治疗子宫内膜异位症是非常重要的。目前，对子宫内膜异位症的检查通常采用以下三种方法：B超检查、X线检查和腹腔镜检查。