手术治疗的目的是明确诊断，清楚异位内膜病灶，尽量恢复正常解剖结构，缓解疼痛等症状，适用于药物治疗后症状不缓解、局部病变加剧或生育功能未恢复者，较大的卵巢内膜异位囊肿且迫切希望生育者。如果暂没有手术指征，可以先药物治疗看效果如何；如果符合手术指征，建议手术治疗。
子宫内膜异位症表现继发性渐进性严重痛经常伴有不孕月经过多及性感不快。子宫内膜异位早期积极的治疗。注意饮食清淡，多吃一些易消化，温和性的食物，不要吃生冷辛辣还有刺激性的食物，还要保持良好的生活规律。
子宫内膜异位的治疗原则为采用药物、手术等方法进行综合治疗。平时饮食上宜吃富含蛋白质、铁质的食物。不吃辛辣刺激性食物，注意经期卫生保暖。月经期尽量避免过度或过强体育、舞蹈活动，避免月经期及月经刚净时进行性生活。
可以手术治疗，包括保留生育功能得手术即切净或破坏所有可见病灶、分离粘连、回恢复正常的解剖结构；保留卵巢功能手术：切除盆腔内病灶及子宫，保留至少一侧或部分卵巢；最后一个手术治疗方式是即将子宫双侧附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除和清除。
子宫内膜异位早期特征有月经不调，月经来潮推迟，并伴有经量增加，性生活疼痛，如厕时腹部疼痛等。子宫内膜异位症是一种常见的妇科疾病，定义为子宫内膜组织生长在子宫腔以外引起的病症，如生长在如子宫肌层、卵巢或盆腔内其它部位。
子宫内膜异位症是由子宫内膜生长异常所致，子宫内膜通常在子宫腔内，如果生长在宫腔以外的地方并且有疼痛发生，就被称为子宫内膜异位症，子宫内膜会引起痛经，所以可以药物调理，要是严重还要手术治疗。