痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。还有不孕及月经失调。
巧克力囊肿的症状有月经量增多、痛经、有血块。会出现经期下腹部疼痛且疼痛逐渐加剧。手术治疗是比较好的治疗方式，药物可以抑制病情，不能彻底的治好，对于巧克力囊肿，应该考虑手术，治疗时要谨遵医嘱，根据个人的身体情况，制定专门的治疗方案。
卵巢巧克力囊肿，是子宫内膜异位症的一种，症状表现为，痛经、性生活时疼痛、突发性的剧烈腹痛，并往往伴有肌紧张、反跳痛等腹膜刺激症状。还有不怀孕及月经失调等症状。盆壁相粘连的囊性肿块，活动度差，往往有轻度触痛。
卵巢巧克力囊肿又称卵巢内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症中最常见的一类。卵巢巧克力囊肿的女性主要可表现小腹疼痛、小腹不适、白带异常、月经失常，有时性交会发生疼痛。出血卵巢巧克力囊肿治疗：饮食宜吃羊血、螺狮、淡菜、乌贼、荠菜、藕、蘑菇、马兰头、石耳、榧子、柿饼。卵巢巧克力囊肿治疗：饮食宜多吃具有抗肿瘤作用的食物：鲎、海马、鳖、龙珠茶、山楂。
卵巢巧克力囊肿病人，由于经期时囊肿内出血较多，囊腔内压力增高，囊壁可出现小的裂缝并有极少量血液渗漏，但裂缝很快被漏出物引起的腹膜局部炎症反应和组织纤维化所闭合，巧克力囊肿的临床表现并导致卵巢与邻近的子宫和肠壁粘连，往往也累及输卵管，所以输卵管管腔可能通畅，但管壁因扭曲而影响其蠕动，盆腔内广泛的粘连和输卵管蠕动减弱，以致影响卵子的排出和摄取，可以出现不孕。
巧克力囊肿在临床上很多都会导致进行性加重的痛经，并且在做妇科检查的时候会发现下腹部一侧有包块，B超检查会发现卵巢上的囊肿，并且有人会表现为性生活的时候下腹部疼痛。在日常生活中，也会出现下腹部隐痛的情况。在临床上还常常造成病人不孕不育的临床表现。