治疗排卵障碍的方法有很多种，如手术治疗、高纯FSH、心理治疗等。目前最先进的就是手术治疗。手术治疗适用于对药物促排卵治疗无效者，在腹腔镜下对多囊卵巢用电凝或激光技术穿刺打孔，术后配合中药治疗排卵障碍妊娠率高，又能避免术后粘连。
排卵障碍治疗应该按照其发病原因开始入手，通常最主要讲述的是最常见的一种由于内分泌失调而导致的排卵障碍，排卵障碍也可以称之为不排卵是女性不孕临床上非常常见的原因，排卵与下丘脑、垂体以及卵巢功能有一定关系，排卵障碍不孕病人应该及时检查治疗，因此，排卵障碍的治疗主要是针对病因采取有效的治疗措施。
临床上首选是促排卵药，人类绝经期促性腺激素，卵泡刺激素，促性腺激素释放激素和溴隐亭。促排卵药的作用就是抵抗女性体内雌激素，减少对促卵泡素的抑制，从而促进卵泡发育，使卵泡得以成熟并排出。适用于因内分泌紊乱或者异常引起的排卵障碍的群体。
如补中益气、健脾益肺、温经活血、调经止痛、补血滋阴、填精益髓、行气活血、镇定安神、祛湿止疼、补血柔肝、缓中止痛、疏肝健脾、温肾健脾，养血调经之效等，排卵障碍可用专利药育宫培麟尤其对改善和调理女性排卵障碍，效果尤佳，不少女性服用后，效果明显。
以补血养阴为主，同时补肾阴的药物中加入补肾阳药。促使卵泡发育成熟。排卵期。此时应在养精血的基础上加入通络、行气、活血的药物，以促发排卵。月经期，此时因势利导，用活血调经法，以求行经通畅。
没有卵泡长大者在月经第3天测窦卵泡及激素水平，使用促排卵药物，试管婴儿：如病人门诊治疗、人工授精、诱导排卵均无效，需做试管婴儿，用大剂量药物使病人排出10-20个卵子，进行体外胚胎培养，然后放入子宫。