如果不及时治疗，可能会有以下危害。囊肿破裂危及生命，当巧克力囊肿生长到一定大小，有可能出现并发症，比如感染、囊肿蒂扭转、出血或破裂等，均能危及女性的生命。另外，囊肿在早孕时可能会引起流产，中期妊娠时可能发生囊肿蒂扭转，孕晚期可能会导致胎位异常。分娩时可能会阻塞产道，引起难产。因此巧克力囊肿及时去正规医院的妇科进行检查、治疗，以免延误病情，危害身体健康。
西医手术激素疗法；西医认为巧克力囊肿是一种激素依赖性疾病，通常采用手术搭配激素来治疗，激素疗法又被称为“假孕疗法”，主要是让病人产生假性闭经，仿照怀孕期用激素来医治月经，缓解一些症状，激素在一定程度上起到的只是缓解症状的作用，不能达到治好的目的，手术治疗一种是剥离囊肿，一种是脏器切除。
不治就会一味的每经过一次例假就会长大一些，严重后果就是囊肿破裂急腹症反复复发，但巧克力囊肿与不同年龄不同生育要求指导治疗是不一样的得了子宫内膜异位症自己也要首先了解此病，最起码在治疗起来时，自己心中有一个正确认识，积极治疗正确治疗一定能够把治好或控制。
卵巢巧克力囊肿是卵巢囊肿的一种。临床资料显示卵巢囊肿患人有50克囊肿。患有这种疾病的人很难怀孕，因为囊肿会阻塞卵巢，从而削弱卵巢产生卵子的能力，并极大地影响卵子的质量。此外，如果囊肿堵塞输卵管，即使能产下卵子，卵子也不能进入子宫，这也会导致不孕，所以更难受孕。
正常卵巢囊肿不治疗，自己好的可能性很小，特别是年轻女性激素活动频繁，更降低囊肿的自愈几率。如果不治疗可能会变大，卵巢囊肿万一变大，就可能使下腹或背部隐隐作痛或感到肿胀。
以及治疗预后不一样，中医与西医见解不同，西医认为子宫内膜异位症属于雌激素依赖性疾病，治疗采取口服类雄性激素药，不同年龄不同生育要求治疗建议中医认为该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，影响水液代谢，痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键。所以要慎重根据自身的状况来选择治疗。