卵巢囊肿属于良性疾病，如果没有不适症状，是可以不用处理的，如果出现疼痛，肿胀，月经不规律等不舒服了，那就需要考虑手术切除了。症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。
及时去正规的医院做进一步的检查，然后根据检查结果，尽快选择合理的方法手术治疗。如果病情发现的比较早，治疗的比较及时，相信病情也是可以缓解的，在治疗过程当中，病人一定要把心情放松，思想上不要有什么压力。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
对巧克力囊肿手术之后，在临床上复发率是非常高的，一旦出现复发的情况，建议结合临床症状综合性的分析，再给予处理。如果是复发的囊肿不大，可以采用激素抑制子宫内膜的生长。
卵巢巧克力囊肿属于盆腔子宫内膜异位症一种，有复发的风险。手术过程当中，不可能将微小的病灶全部去除，因此部分女性在术后囊肿复发。如果囊肿持续增大，需要手术治疗，配合一些药物使用。
发现患有巧克力囊肿的时候一定要积极的进行手术的方式治疗，因为手术的方式治疗卵巢巧克力囊肿是目前为止能够较为彻底地清除囊肿的一种治疗方式，而且通过手术的方式还可以有效的缓解痛经，提高生活质量，对于有不孕症的病人，手术之后妊娠率能够得以提高。
