巧克力囊肿饮食应该注意饮食宜清淡，避免所有冷食。及时补充蛋白质、热量和必要的维生素、矿物质，如鱼肉、瘦肉、牛奶。在月经前后注意吃过热的汤和蔬菜。多吃新鲜的水果和蔬菜，如香菇、大枣等饮食应富含足够的营养，忌辛辣刺激性、海产品等，要控制烟酒。要避免油腻食物的摄入，包括肥肉、煎炸类食物。
巧克力囊肿饮食要清淡、每天补充足量蛋白质、热量和维生素。每天多吃新鲜的水果，多吃些苹果、香蕉、梨。不能吃辛辣刺激、海鲜类，拒绝烟酒，不能吃油炸食品。在月经前后，不能吃过热的汤和蔬菜。合理作息，每周做有氧运动，放松心情。
巧克力囊肿术后饮食，没有什么明显的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶均可以食用。但是对于比较特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂王浆，尽量减少食用或者是不食用。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症，这种囊肿影响怀孕，并且可以出现经期腹痛，会逐渐加重。如果是大的巧克力囊肿或者影响怀孕，可以做手术治疗。如果是小的巧克力囊肿，没有明显的痛经，也可以用药物治疗。如果有生育要求，要尽快的怀孕，因为子宫内膜异位症是引起不孕证比较重要的原因，所以随着病情的发展，不孕症的发病率会逐渐升高。卵巢巧克力囊肿做手术很容易复发，如果症状不是很严重，暂时可以保守治疗。
巧克力囊肿手术之后要注意的，首先是按照医生说的按时吃孕三烯酮，然后按照医生说的时间定期复查肝功能，生活上好好休息一个月，一个月内不能性生活，不能盆浴，不能游泳。还需要注意不要吃冷冻的食物，不要抽烟喝酒，饮食生活规律，多吃蔬菜水果，适当的吃鱼肉蛋，不要吃刺激的食品，少喝咖啡，浓茶饮料。
巧克力囊肿院行腹腔镜手术，现医院检查发现复发，卵巢巧克力囊肿特点就是容易复发，特别是对于年轻女性。饮食上没有特别需要注意的，少吃点豆制品，如果巧囊不大，可以不用治疗，如果巧囊大了，可以再次考虑手术剥除。