直径大于3个cm，就需要手术治疗。巧克力囊肿可以压迫正常卵巢组织，影响排卵。巧克力囊肿是卵巢的良性囊肿，如果确诊是巧克力囊肿，超过5公分以上的，做手术治疗，一般超过五十毫米的囊肿，多数情况下存在手术指征，需要考虑手术处理了。
一般囊肿大于5厘米考虑是需要选择手术，囊肿接近5厘米的情况，暂时还不用手术，可以先用中药调理一段时间平时要避免劳累剧烈运动，避免油腻辛辣刺激饮食，过一段时间再复查一下B超，看看囊肿的变化，如果有增大明显，再考虑手术处理剥除囊肿。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿一般恶变率很低，但极个别有恶变的可能性，如果肿瘤指标异常，短期内肿瘤又快速增大，超过5厘米，怀疑恶变，应该尽快手术。如果囊肿体积在三、四公分以内，可以采用保守治疗的方法，只要注意定期复查，观察囊肿的生长情况即可。一般建议3-6个月查一次，如果囊肿体积变化不大，超声下囊壁的回声没有异常，也没有其他的生育要求，可以先进行保守治疗，不用做手术。
巧克力囊肿较大，的确是需要考虑手术处理一下的，这样是较为彻底的，同时也是需要检查清楚，是什么因素造成的，巧克力囊肿手术是小手术，也没有多大的风险，不需要太担心的，一定要放松心情，保证营养需要，术后好好的调养好身体。
大于五厘米就容易发生扭转，破裂或者感染，那就需要急症手术治疗，若还不到五厘米，可以注意观察，定期做B超复查。但是如果平时痛经比较厉害，可以调理一段时间。也可以服用短效避孕药调理。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿一般恶变率很低，但极个别有恶变的可能性。所以发现巧克力囊肿后，一般都会查CA125、CA199这两个肿瘤指标，假如肿瘤指标异常，短期内肿瘤又快速增大时，则怀疑恶变，必须尽快手术。但如果囊肿体积在三、四公分以内，可以采用保守治疗的方法，只要注意定期复查，观察囊肿的生长情况即可。