检查出卵巢囊肿后要先确定是哪种性质的囊肿。如果囊肿时间过长且大，就需要通过手术治疗。如果是生理性的囊肿，也就是所谓的黄体囊肿，在月经来潮之后会消失。如果月经干净之后持续存在，还是需要随访观察。
要看囊肿的大小，如果B超检查囊肿三四个厘米或者更小，应该是生理性的囊肿，是不需要治疗的，可以等下次月经后再做复查，生理性的囊肿会自然消失。如果目前检查超过五厘米，可以先做一下卵巢肿瘤标记物的检测再决定是否手术。
西医认为，良性卵巢肿瘤的唯一治疗方法是手术切除。囊肿直径小于5～6cm者，可观察3～6个月，如继续增大，或肿瘤直径虽小于5cm，但为实性肿瘤，均应手术切除。不过手术切除后易复发，易继发盆腔炎、不孕症等。对儿童、年轻未孕者，多采取患侧卵巢切除术或患侧附件切除术。如为双侧卵巢良性肿瘤者，宜行卵巢肿瘤剥除术，尽可能保留部分卵巢组织，以维持月经及生育功能。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
卵巢囊肿根据大小、位置、性质不同，治疗方法不同。一般以手术治疗为主，要看是否恶性，囊肿的部位，体积，大小和生长速度。如畸胎瘤，B超、平片检查可发现牙齿、骨头等特殊结构，肿瘤超过3-4cm需要进行手术处理。其它囊肿、肿瘤并无此典型表现。