卵巢巧克力囊肿就是子宫内膜异位症的一种类型，可以引起进行性痛经和不孕，治疗主要是手术剔除，术后容易复发。在平时多注意休息，不要吃辛辣刺激的食物，不要剧烈的运动。
如果巧克力囊肿直径小于五厘米，没有合并任何不适，可以定期的复查。如果巧克力囊肿直径大于五厘米，并且是持续存在，需要手术治疗。巧克力囊肿是一种良性病变、恶性行为，特别容易复发。
卵巢巧克力囊肿目前认为以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。
巧克力囊肿最大的症状就是痛经，也可以表现为不孕，月经异常等其治疗需要根据年龄，症状以及生育要求等全面考虑，病变轻微，症状不明显的可以随访观察，痛经明显地可以药物治疗，有生育要求的可以采用保留生育功能的手术治疗。属于需要保留生育功能的，可以采用能够保留生育功能的手术方式，切除患病部位保留卵巢，既保留了生育功能，又保留了卵巢功能。
加强营养，多吃优质蛋白、低脂饮食，少吃辛辣刺激的，适当吃一些滋补肝肾、活血通脉的食品，如黑大豆，黑芝麻，核桃，黑米，豆制品，乌鸡炖汤，黑木耳，海带等，多补充维生素，忌饮酒，忌喝碳酸饮料等。
术后要注意休息，加强营养，多吃富含蛋白质和维生素丰富的食物，有利于身体的恢复和伤口的愈合，少吃生冷，寒凉，辛辣有刺激性的食物。术后定期复查。平时要注意休息，多喝热水。