巧克力囊肿不宜吃蜂蜜、桂圆、红枣、属于热性、凝血性和含激素成分的食物，时候后会使子宫肌瘤或巧克力囊肿病症加重。禁忌食物有蟹、带鱼、青鱼、鹅肉、狗肉、辣椒、生葱、生蒜、桂圆、橘子、白酒等。饮食上宜清淡，饮食应富含足够的营养，纠正偏食及不正常的饮食习惯，配合囊-肿妇善枋贴。不宜常食刺激性、海产品等。适宜食物：牛奶、菠菜、白菜、油菜、香菇、瘦肉、鸡蛋、鲫鱼、苹果、鸭梨、大枣、花生、黑米等。
卵巢巧克力囊肿：饮食宜多吃具有抗肿瘤作用的食物：忌吃鲎、鳖、龙珠茶、腹痛、腹胀宜吃猪腰、杨梅、橘饼、核桃、栗子。出血卵巢巧克力囊肿：饮食宜吃羊血、螺狮、淡菜、乌贼、荠菜、藕、蘑菇、马兰头、石耳、柿饼。
首先不要吃刺激性的食物如辣椒等，忌一切的寒凉食品。在行经期前后，生冷食物均要禁忌，可以进食热汤、菜等。对于过于肥厚的肉品，也要忌食。对于该病要控制烟、酒、咖啡、茶等的摄入，要避免油腻食物，包括肥肉、煎炸类食物等，另外要注意多喝水。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位引起的，属于良性病变。主要症状是月经期增大，有可能出现腹痛。日常饮食注意多吃些蔬菜水果，不要吃含有激素、生冷、刺激性的食物，期间需要禁烟禁酒。如果巧克力囊肿的体积比较小，暂时可以先观察。但是如果体积比较大，需要及时手术。
巧克力囊肿术后饮食，没有什么明显的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶均可以食用。但是对于比较特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂王浆，尽量减少食用或者是不食用。