巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。
月经不调：卵巢巧克力囊肿者通常会出现月经量过多的症状，这是相当常见的症状，又不少会出现经血较多且带劲的时间比较长的情况；痛经：痛经是巧克力囊肿的主要症状，一般是继发性的症状但会逐年加重，但是临床上也有少数并没有很明显的痛经症状。痛经多是从月经前就开始甚至是在周期的后半期就开始了，要持续一个月经期到月经后的数日才会结束消失，一般疼痛的部位会出现在下腹部位，或者是偏于一侧；性生活痛。
引起女性巧克力囊肿的原因有很多，并且具体原因，跟环境因素、内分泌不调、遗传因素、感染因素等原因都是有一定的关系的。到专业正规的医院进行检查和治疗。生活规律，保持充足的睡眠，避免经常熬夜、通宵、过度劳累等，养成良好的生活习惯；体育锻炼，平时坚持适当的运动锻炼，劳逸结合，加强身体素质。
临床上多表现有小腹疼痛，小腹不适，白带增多，白带色黄，白带异味，月经失常，而且通常小腹内有一个坚实而无痛的肿快，有时性交会发生疼痛。当囊肿影响到激素生产时，可能出现诸如阴道不规则出血或毛体增多等症状。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的，明显的症状就是痛经，而且进行性加重的。另外一个明显的症状就是性交疼痛，可能还伴有点状的出血，而且容易造成不孕，月经失调。可以采取药物和手术治疗。
巧克力囊肿囊壁常常很薄脆，具有一种自发破裂的倾向。破裂后无法自行愈合，其浓稠的巧克力样囊内液可流入腹腔，这种巧克力样液体的刺激性极强，可刺激周围的腹膜，引起剧烈的腹痛，如果处理不及时，还可能导致弥漫性腹膜炎。