如果囊肿小于4cm，痛经较轻，也没有不孕的病史，那么可以先不开刀，直接试孕。输卵管通而不畅可以考虑做宫腹腔镜联合导丝介入治疗效果会比较，只要监测有排卵就应该是容易怀孕。
生殖中心做个评估，如果囊肿不大，输卵管通畅有问题，可以直接做试管婴儿。囊肿较大可以考虑穿刺抽取囊液，用GnRHa控制3-6个月后做试管婴儿;或者取卵后再次腹腔镜手术，术后再进行胚胎移植。
做微创手术，先把巧克力囊肿给弄掉，然后再按照正常情况去备孕，如果是备孕半年都失败，可以考虑试管婴儿。巧克力囊肿通常来说也就是和内膜异位症有很大的关联，内膜异位症会影响到怀孕的。
根据个人体质不同，时间自然也不一样。巧克力囊肿术后一般一个月就可以恢复。恢复的时间长短，和手术后的保养也有很大关系，所以术后要多休息，在恢复期间，定期到医院复查看恢复情况。
巧克力囊肿的治疗，如果有生育要求，建议进行手术治疗，采用手术治疗是比较好的治疗方法，尤其对于囊肿较大的。也可以辅助保守治疗，保守治疗一般是指使用药物进行治疗，要及时医院进行治疗。
避免食用过多油腻的食物，因为脂肪会形成堆积，使伤口不能快速愈合，对细菌的抵抗能力也是会减弱的，所以不要食用太多。不要食用容易胀气的食物，高淀粉类的食物：萝卜、土豆、红薯、芋头、南瓜、板栗等。