下卵巢巧克力囊肿的常见病因都有：内分泌因素；输卵管阻塞；性生活频繁；流产过多。卵巢巧克力囊肿，其实这是一种不仅影响健康，而且影响生育的疾病，而且卵巢巧克力囊肿是一种比较严重的卵巢囊肿，建议在患上之后一定要及时的就医治疗。
环境因素：工业发达国家及上层社会妇女卵巢癌发病率高可能与饮食中高胆固醇有关另外电离辐射及石棉、滑石粉会影响卵母细胞而增加诱发卵巢肿瘤的机会吸烟及维生素A、C、E的缺乏也可能与发病有关2、内分泌因素：卵巢肿瘤多发生在未产妇或未生育妇妊娠对卵巢肿瘤似有对抗作用认为每日排卵所致卵巢表层上皮细胞反复破损与卵巢肿瘤发生有关。
巧克力卵巢囊肿考虑以下几个原因：生理原因，女性的子宫内膜在生理周期到来时会剥落之后重新增厚生长，但是由于有些内膜不会离开而是在卵巢的位置淤积，淤积的内膜越多，使卵巢位置出现囊肿；内分泌因素：来例假时如果生气，则会导致例假结束，使垃圾排不出来，在卵巢里形成囊肿。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位在卵巢，月经期异位内膜脱落出血，积在卵巢流不出来导致的。会引起进行性加重的痛经，影响卵巢功能，影响月经怀孕等，夫妻之间房事过多，这也是导致女性出现巧克力囊肿的重要原因之一。
巧克力囊肿。主要和月经周期中的子宫壁脱落导致子宫内膜碎片引流不畅，不能够全部排出，这时就会有少量的经血通过输卵管向盆腔倒流，就会导致巧克力囊肿的发生。
患有巧克力囊肿是因为内分泌失调所致。卵巢是产生卵子并且排卵、内分泌激素、平衡内分泌的一个重要生殖器官，而左附件巧克力囊肿的问题高发于内分泌旺盛的生育年龄。如果确诊了就应该及时治疗。