巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢内周期性出血形成的，一般没有良恶性之分。但是巧克力囊肿是会有发生破解以及恶变的可能，所以及早发现，尽早治疗。必要时，需通过手术切除治疗。
卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位导致的，是良性的，这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变，卵巢巧克力囊肿主要表现是痛经，所以应及时进行手术治疗。
巧克力囊肿确诊良性还是恶性应该予以手术探查的，囊肿切除之后立刻在手术室里进行冷冻切片显微化验，以确定囊肿是属良性或恶性。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
良性巧克力囊肿是指囊肿直径小于等于3厘米。良性巧克力囊肿并无明显症状。每个人病情的严重情况不一样，有些病人在良性巧克力囊肿的时候会出现不孕，月经失调，痛经等症状，但有些病人却并不会出现症状。
巧克力囊肿如果是恶性更有效的治疗方法包括腹部解剖和开放性手术。这两种治疗方法目前在医学上普遍使用，快速，有效，风险小。另一种方法是使用囊肿切除术，这种方法是一种更可靠的方法。
卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位导致的，是良性的，一般不会发生恶变。因为卵巢巧克力囊肿主要表现是痛经，所以应及时进行手术治疗。平时注意休息，避免过度劳累，注意补充维生素，多吃富含维生素的新鲜的蔬菜水果，少食辛辣刺激性强的食物。