发生巧克力囊肿主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产可引起输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。也可能和压力过大等因素有关。
原因有很多比如，慢性炎症刺激，也有一些环境因素影响，还有生活习惯不好、心理压力过大等因素造成体质过度酸化，人体整体的机能下降。、内分泌因素等，都会引起。需要及时治疗，多注意休息，劳逸结合，避免不必要的检查，注意卫生。
人工流产：女性反复进行人工流产也会增大发生巧克力囊肿的几率，因为在进行宫腔手术时，子宫环境会因为仪器产生的压力而变化，导致子宫内膜碎片随着经血逆流进入盆腔当中，在卵巢扎根后就会随着月经期逐渐生长，最终引起不同程度的巧克力囊肿。
巧克力囊肿主要是由于内分泌紊乱所致，较小的卵巢巧克力囊肿，不易发生破裂。卵巢巧克力囊肿的药物治疗效果差，难以消除，当囊肿增大，自发破裂的风险开始出现，并逐渐增加，长到一定大小，自发破裂常难以避免。
卵巢巧克力囊肿，这是子宫内膜异位到卵巢导致的。可以用中成药保守治疗，严重，也可以采取手术治疗。因为中成药的效果有时候不是很明显的，中成药治疗时间长。平时不要吃辛辣刺激的食物，注意卫生。
有分娩、多次流产、生理原因、输卵管梗阻、内分泌因素、子宫内膜异常、频繁性生活等身体异常发现。巧克力囊肿可能导致月经不调，严重可能在一定程度上影响痛经和不孕。