主要是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，并且随着卵巢周期性的变化而发生变化，比如在周期性的子宫内膜脱落出血形成临床月经的时候，种植在卵巢上的子宫内膜也会出现周期性的出血现象，天长日久，出血量会增多，并且会形成陈旧性的出血，陈旧性的出血肉眼所见类似于巧克力的样子，所以称为巧克力囊肿。
巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。月经期脱落的子宫内膜碎片，随着经血逆流经过输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其它部位，形成异位囊肿，异位的子宫内膜也会受性激素的影响，随同月经周期反复脱落、出血。如果病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含有陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性的血呈褐色、黏稠、浆糊状，像巧克力一样，所以叫巧克力囊肿。
巧克力囊肿最主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产也可引起，输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。内分泌因素、炎症因素（患有盆腔炎等疾病并且出现了盆腔粘连的情况，没有得到及时地治疗，造成大量的积血淤积）子宫内膜因素（脱落的子宫内膜随经血逆流进入腹腔）压力过大等都是导致卵巢巧克力囊肿的诱因，治疗该病一般选择手术治疗，术后配合药物治疗。
可能是由于间歇性出血、反流等造成的，导致巧克力囊肿。注意观察腹痛或痛经是否不舒服。月经后，可以去复查。看一看，如有必要，微创手术仍然有效。然而，不能完全排除术后复发，可能需要定期复查。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，是指子宫内膜病灶移位到了卵巢上，由于是咖啡色，像巧克力，因此被称为巧克力囊肿。巧克力囊肿是一种代谢性质的疾病，主要是由于内分泌紊乱所致。目前治疗此病分为两个大方向，一个是西医手术治疗，另一个是中医保守治疗。
人工流产：女性反复进行人工流产也会增大发生巧克力囊肿的几率，因为在进行宫腔手术时，子宫环境会因为仪器产生的压力而变化，导致子宫内膜碎片随着经血逆流进入盆腔当中，在卵巢扎根后就会随着月经期逐渐生长，最终引起不同程度的巧克力囊肿。