卵巢巧克力囊肿在临床上多表现有小腹疼痛，小腹不适，白带增多，白带色黄，白带异味，月经失常，而且通常小腹内有一个坚实而无痛的肿快，有时性交会发生疼痛。当囊肿影响到激素生产时，可能出现诸如阴道不规则出血或毛体增多等症状。囊肿而发生扭转，则有严重腹痛腹帐、呼吸困难、食欲降低、恶心及发热等。
生理原因：由于内膜在女性卵巢生长，在生理期时内膜并不随着离开，而是在卵巢位置淤积，使卵巢位置出现囊肿。分娩、多次流产等：巧克力囊肿是由于月经期子宫内膜碎片引流不畅导致的，影响月经血从阴道流出，包括多次人工流产后子宫颈口粘连、月经期性交等，都会促发巧克力囊肿。
b超能确诊是巧克力囊肿，目前确诊巧克力囊肿的金标准是做腹腔镜手术，并将囊肿切除送病检，只有病检看到囊肿内有异位的内膜组织，才可以确诊是巧克力囊肿。检查彩超可以看到巧囊的大小，而且囊肿内会有网状分隔，同时回声不会特别均匀。
巧克力囊肿又称为子宫内膜异位症，是指子宫内膜移位到卵巢。随着月经周期的变化，巧克力囊肿会随着积雪的增多，而慢慢变大。巧克力囊肿会造成盆腔的粘连，卵巢功能的破坏，影响卵巢排卵和正常的受孕。
好转后身体会变得很舒适，而且胃口会变好，肚子疼痛会慢慢减少。巧克力囊肿是妇科病中比较复杂的病，到处粘连，四处流窜，治疗之后又很容易复发，缠绵难愈。巧克力囊肿如果不积极治疗，随着病程的延长，囊肿体积会出现增大现象。
巧克力囊肿是子宫内膜异位在卵巢内，随着月经周期异位的子宫内膜发生周期性出血，导致了卵巢囊肿。由于其内囊液呈巧克力样，故称为巧克力囊肿。要在腹腔镜下做囊肿切除术，术后药物治3到6个月，预防囊肿复发。