巧克力囊肿的手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病通常使用的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的一般选择。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。
卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上生长而导致形成的，一般卵巢巧克力囊肿会引起进行性的痛经，同时可能影响怀孕甚至导致不孕，当卵巢巧克力囊肿小于五公分以下，又没有明显严重痛经的时候，可以考虑采用短效避孕药来进行调理治疗，如果是卵巢巧克力囊肿大于五厘米，我们通常建议直接行腹腔镜手术切除囊肿才行。
巧克力囊肿是会导致不孕的。至少会造成排卵障碍。卵巢巧克力囊肿的形成是由于内膜在卵巢中仍然会出现“经血”症状，但由于在卵巢内无法排出，日积月累就造成了旧血的长期潴留，形成囊包。
力囊肿是子宫内膜异位。中医认为有经血瘀阻，气滞不畅，子宫寒凉，肝肾虚弱，脾虚，血虚，湿热湿浊等有关。建议到正规医院检查确诊后针对病因进行治疗。也可以找有经验的中医辨证用中药治疗，生化颗粒等。
巧克力囊肿对于女性身体的健康影响还是非常大的，如果不够重视疾病的治疗，很容易影响到身心健康，到医院进行相关的检查，如果症状轻微，可以通过药物缓解症状，进行腹腔镜手术的方式治疗较好。
腹腔镜手术是本病的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。