发病多在月经前或月经周期后半期(黄体期)，因月经期前后囊腔内反复出血，囊内压急剧增高，易自发破裂，或受外力挤压以及妇科检查而使囊肿破裂。一般无闭经或不规则阴道出血。突发下腹剧痛，开始于一侧，继之盆腔疼痛，伴恶心呕吐。少有血压下降等休克症状。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
巧克力囊肿早期可能会没有明显症状，如果囊肿进一步增大，可能会有痛经，腹痛症状。巧克力囊肿一旦确诊，建议手术治疗，如果直径较大，症状明显，可以先药物治疗缩小病灶，然后再在腹腔镜下手术治疗。
左侧卵巢巧克力囊肿可能会出现腹痛，大部分是因为瘤蒂发生了扭转所导致的，可能是发生肿瘤破裂、出血感染所致；腹围增粗；腹内肿物；不孕；月经失调；痛经以及性交痛的症状。
痛经为主要症状，为继发性且逐年加重，但也有少数病人无明显的痛经。异位的子宫内膜受卵巢激素的作用，与正常子宫内膜有同样的周期性变化，月经后半期，异位的内膜高度增厚充血，子宫内膜异位瘤内压力逐渐增加，行经时经血聚积囊内，使囊壁承受的压力骤然增加而引起疼痛。性交痛：子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症均可发生性交痛，而且常于月经前较为明显。3）不孕。
巧克力囊肿的症状出现之后，会让身体出现腹痛，阴道出血等情况，也会对月经产生不良的影响，导致月经出血量大，或者是月经不调的情况。巧克力囊肿的情况应该要及时的采用手术切除的方法进行治疗，可以有效的避免囊肿出现恶化的情况。
