生理性囊肿不需要手术，病理性囊肿通常需要手术来确认诊断并相应地治疗。去正规医院检查做B超。彩色B超，X线检查，腹腔镜检查等先进的诊断技术可用于卵巢囊肿的早期诊断。虽然卵巢囊肿易于恶变，但只要早期发现，早期发现和早期治疗都可以避免。
卵巢巧克力囊肿的危害有：引起月经不调、腹痛、性生活痛等不适症状；造成盆腔器官的粘连；导致弥漫性腹膜炎；引起输卵管阻塞，导致不孕。反胃、呕吐、发烧和腹部剧痛。需要去正规医院专科治疗的。
治疗好看治疗方案与时间，巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，如果不治疗囊肿会不断的增大，而且会影响到月经，巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，是女性较常见的病变之一，如果囊肿较小可以中药治疗，治疗时间因人而异，囊肿较大需要手术，不管是哪种治疗，均有复发可能性。
典型的症状就是下腹痛和痛经，尤其是在月经期间疼痛得更厉害，典型的症状就是继发性的痛经进行性加重。不孕，会改变体内的微环境，导致不孕症的发生。性交的不适，往往是因为性交时碰撞或者子宫收缩上提引起疼痛，一般是深部的性交痛。
巧克力囊肿复发的时间是不确定的。如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。避免复发可以在宫内上节育环。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，是不会影响寿命的，但是其复发率非常若不接受正确的治疗，反复的发作会让生不如死。所以对治疗手段上的选择一定要谨慎。
