巧克力囊肿应根据病人年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求、病人的主观愿望等因素加以选择，强调个体化治疗。有生育要求的轻度病人明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术；年轻但无生育要求的重症病人可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗。
首先到正规的医院妇产科治疗，病是常见的妇科疾病，但是由于比较复杂和棘手，需要有专业医生来根据病情来治疗。早发现早治疗。卵巢巧克力囊肿可以使用保守治疗或是手术治疗。
去专业正规的医院进行检查和治疗，遵医嘱用药。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶。个人的卫生习惯也很重要，内衣勤洗勤换。多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。保证良好的作息，不要太晚睡觉。
巧克力囊肿晚期可以通过中医医治，中医更平和，没有副作用，平时要注意提高生活质量，减少部分的并发症，饮食上要清淡一些，不要吃过于辛辣的食物，平时还要注意休息，保持良好的心态。
巧克力囊肿的治疗有两种方式，一种是药物控制，效果不好。另一种是手术治疗，能够达到治疗的目的，但是需要选择合适的方式治疗，有些女性需要生育所以只能采取保守治疗方法。
巧克力囊肿应该在中医指导下服用中药治疗。在用药以后需要去医院做B超复查，如果再恢复正常，不需要进一步治疗。如果用药效果不理想，也可以去医院做腹腔镜的微创手术治疗。
