巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，是指子宫内膜病灶移位到了卵巢上，由于是咖啡色，像巧克力，因此被称为巧克力囊肿。巧克力囊肿是一种代谢性质的疾病，主要是由于内分泌紊乱所致。目前治疗此病分为两个大方向，一个是西医手术治疗，另一个是中医保守治疗。因此病为代谢性质的疾病，手术无法治好，即使手术，年龄小，复发的几率也特别大，此病由内分泌紊乱所致，的治疗方法就是中医保守治疗。
下卵巢巧克力囊肿的常见病因都有：内分泌因素；输卵管阻塞；性生活频繁；流产过多。卵巢巧克力囊肿，其实这是一种不仅影响健康，而且影响生育的疾病，而且卵巢巧克力囊肿是一种比较严重的卵巢囊肿，建议在患上之后一定要及时的就医治疗。
巧克力卵巢囊肿考虑以下几个原因：生理原因，女性的子宫内膜在生理周期到来时会剥落之后重新增厚生长，但是由于有些内膜不会离开而是在卵巢的位置淤积，淤积的内膜越多，使卵巢位置出现囊肿；内分泌因素：来例假时如果生气，则会导致例假结束，使垃圾排不出来，在卵巢里形成囊肿。
巧克力囊肿。主要和月经周期中的子宫壁脱落导致子宫内膜碎片引流不畅，不能够全部排出，这时就会有少量的经血通过输卵管向盆腔倒流，就会导致巧克力囊肿的发生。
环境因素：工业发达国家及上层社会妇女卵巢癌发病率高可能与饮食中高胆固醇有关另外电离辐射及石棉、滑石粉会影响卵母细胞而增加诱发卵巢肿瘤的机会吸烟及维生素A、C、E的缺乏也可能与发病有关2、内分泌因素：卵巢肿瘤多发生在未产妇或未生育妇妊娠对卵巢肿瘤似有对抗作用认为每日排卵所致卵巢表层上皮细胞反复破损与卵巢肿瘤发生有关。
危害是导致不孕：巧克力囊肿一旦变大或者变性，就有可能使精子、卵子不能正常运行，从而影响生育，导致不孕的恶果。囊肿破裂，危及生命：巧克力囊肿增大极易发生感染、扭曲、出血或爆裂，给患者带来生命的威胁。有些肿瘤性的囊肿甚至会发生癌变。